这招出现对反寄生联盟无疑是雪上加霜，敌人虽然没有显著减少，还存在越来越多的可能。形式的这一变化使得联盟成员开始转变思路，开始从寄主下手，直接“未雨绸缪”捕杀领地内存在被寄生隐患的昆虫。这一举措虽然扩大了反寄生联军要清除的敌人，加大了联军成员的工作量和损失，但确实给寄生蜂们带来了沉重的打击，使他们蜂口锐减，兵力也逐步匮乏。在严酷的环境下，本来就不团结的寄生蜂们逐步丧失了抵抗的意识，开始跑路，多数寄生蜂部落开始退向南部易守难攻的边缘地区。黑斑金和少数寄生蜂勇者不甘于失败，打算殊死一搏，但他们的进攻计划被潜伏在巢穴内的伪蝎所窃听（该族是意大利蜜蜂的盟友）。其队伍在前进过程中落入圈套，黑斑金也在胡蜂的围攻下牺牲。
反寄生同盟在寄生蜂退却之后逐步解散，但这并没有给饱受战争之苦的蜂族百姓带来喘息之机。如何填补寄生蜂离开的真空利益成为一个关键问题。或多或强的蜂族们普遍不愿意让弱小蜂族分一杯羹。第二次大冲突接踵而来，蜜蜂、黄蜂、熊蜂、泥蜂等强大族群开始对瘿蜂，叶蜂，锯蜂等小族以莫须有的“冒犯”为由发动征讨。后者奋力反抗不敌，或者同寄生蜂一样逃向边远地区，或者选择有条件或无条件的向大蜂族称臣。第二阶段持续并不久，但大蜂族却借此尝到了战争的甜头，完成了对利益的进一步瓜分，变得更为兴盛。他们之间的战争也即将提上日程。
大混战的第三阶段以两大阵营的对抗为主体，逐步受到他族排斥的泥蜂，树蜂，切叶蜂和准蜂同不甘被驱逐，如闪电般归来的寄生蜂青蜂结成了同盟。为了对抗这一同盟，向来水火不容的蜜蜂和胡蜂等部落也联合在了一起。双方展开了长期的拉锯战，互相屠戮敌方的巢穴，这一阶段持续最久，缺乏代表性事件，最大的特点就是死者极多，最后蜜蜂与胡蜂的联军取得了胜利，前者受到驱逐但拒绝臣服，割据了相当一大块土地。
外患解除，内斗再次开始。第四阶段主要是蜜蜂一派和胡蜂一派的相互屠杀，而其他蜂族浑水摸鱼。这期间两派涌现出一系列英雄人物、运筹帷幄的谋士、善于统战的使者、英勇善战的武将、经与指挥的帅才，各类虫才应有尽有。但他们的共同点是普遍不命长，你方唱罢我登场，打的好不热闹，其生命却急速飞逝，甚至未来蜂族形成整体并开始编撰历史的时候，都不知道如何叙述他们的生平。他们留下的只是在在战争中幸存的老部落中代代相传的魔改传说。所以在此不浪费时间，将他们全部忽略。这场大战的结果是双方两败俱伤，划清边界后各自修养。
第五阶段是长期的低烈度战争，几乎所有的大型联盟或部落中都爆发了内战，要知道不论是哪一种蜂族都分为多个品种，这些种族之间过去存在深刻的矛盾，只是在外部压力强大时未曾暴露罢了。最典型的例子就是意蜂和中蜂的战争，前者常常会刺杀后者的蜂王，而被异能化增强了辨识度的后者也开始对前者进行报复。这一系列的冲突酿成了大量的灭门惨案，蜂族的有识之士开始反思并宣扬反战理念。最开始这一理念普遍不被好战的群蜂接受，但严酷的现实逼使各大蜂族做出了停战的选择。
停战后，金环胡蜂第一首领暴戾主持了一场和平会议，所有蜂族部落都派出代表参加。这场史无前例的大会一共持续了6天，经过无数激烈言语交锋，各部落最终确定了自己的领地范围，制定了部落公法对参会蜂族进行约束，化解了很多战争隐患，并最终建立了两大联盟：北方形成了以强社会性大蜂群为主导，实行寡头制，由蜂王联合元老会领导的蜂族诸王联盟，由金环胡蜂暴戾担任第一任盟主，盟主一个月更换一次，不能连任。南方形成了由各大旁支蜂族组成的野蜂独立阵线，实行直接民主制，由普选产生联盟秘书长，两个月选举一次，最多连任三届，第一任秘书长是青蜂碧针。在他们的领导下，两大联盟内部民众的社会生活趋于稳定，经济长足发展，文明程度也不断提高。蜂族部落的合作愈发紧密化，“巢本位”思维也有所松动。
当然，两大联盟之间仍然存在着很深的矛盾，也因此形成了对峙局面，分庭抗礼。但由于它们内部都百废待兴，领导者也普遍把眼光放在建设上，双方总体还算和平。久经战火的蜂族迎来了一段难得的安宁时光，它虽不长久，但是弥足珍贵。
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